المقارنة بين المواقع خريطة الجينات بين الأنواع. وتشير نتائج هذه المقارنات إلى الحفظ كبيرة من كتل من الجينات وقطاعات كبيرة حتى من الكروموسومات بين الأنواع. يمكن الاستفادة العظمى من المحافظة على هذا الموقف خريطة. على سبيل المثال، في حالة الثدييات، وهذا يعني أنه إذا تم تعيين أحد جينات في أحد أو كل من هذه الأنواع المعينة مكثف (البشر والفئران)، ثم الموقع المحتمل لذلك الجين في الثدييات الأخرى يمكن التنبؤ بثقة كبيرة. على العكس من ذلك، إذا كان علامة الحمض النووي مجهول معين له تأثير على سمة كمية (هذا يجري يدل على علامة ارتباطها بمحور الصفات كمية (QTL)) في، أقول، الماشية، ثم المعارف خريطة المقارنة بين البشر والماشية يمكن تحديد الجينات في منطقة مثلى للجينوم البشري التي يمكن أن تتوافق مع QTL. وتسمى هذه الجينات الجينات المرشحة الموضعية النسبية (q.v.).