نوع الثاني تقييد اندونوكليسي التي تربط (وفي وقت لاحق كليفس) الحمض النووي في المواقع التي تحتوي على تسلسل من أربعة أزواج النوكليوتيدات فريد معترف به من قبل هذا الإنزيم. بسبب حدوث أي تسلسل من أربع قواعد أكثر في كثير من الأحيان عن طريق الصدفة من أي تسلسل من ست قواعد، قاعدة أربعة قواطع تنشق أكثر كثيرا مما تفعل قاعدة ستة قواطع. وهكذا، إنشاء قاعدة أربع قطع أجزاء أصغر من قاعدة ستة قواطع.