نوع الثاني تقييد اندونوكليسي التي تربط (وفي وقت لاحق كليفس) الحمض النووي في المواقع التي تحتوي على سلسلة من ستة أزواج النوكليوتيدات فريد يتم التعرف عليه بواسطة هذا الإنزيم. بسبب حدوث أي تسلسل من ست قواعد أقل في كثير من الأحيان عن طريق الصدفة من أي تسلسل من أربع قواعد، قاعدة ستة قواطع تنشق أقل كثيرا مما تفعل قاعدة أربع قطع. وهكذا، إنشاء قاعدة ستة قواطع شظايا أكبر من قاعدة أربع قطع.