عند شخص الذين سبق مصاباً بفيروس نقص المناعة البشرية يصبح المصابين بسلالة مختلفة، والثانية من فيروس نقص المناعة البشرية. سوبيرينفيكشن قد يسبب فيروس نقص المناعة البشرية للنهوض بسرعة أكبر. سوبيرينفيكشن يمكن أيضا تعقيد المعاملة إذا كانت سلالة فيروس نقص المناعة البشرية المكتسبة حديثا على مقاومة العقاقير المضادة للفيروسات الرجعية (مضادات) في حمية علاج فيروس نقص المناعة البشرية الحالية للشخص.