Un tipus de marcador d'ADN, generada per la digestió de l'ADN genòmic amb dos enzims de restricció per crear molts fragments d'ADN, trompes de seqüències específiques de DNA (anomenat adaptadors) a l'altre d'aquests fragments, amplificació dels fragments mitjançant PCR (utilitzant un conjunt de primers amb seqüències que corresponen als adaptadors, a més de diferents combinacions aleatòries de tres bases addicionals al final)i la visualització de fragments mitjançant electroforesi del gel. La PCR d'ampliar qualsevol fragment seqüència passa per començar amb qualsevol de les seqüències de tres-base en el conjunt dels primers. AFLPs té l'avantatge important que molts marcadors poden ser generats amb relativament poc esforç. Són un mitjà molt útil per quantificar el grau de diversitat genètica dins i entre les poblacions. La seva gran desavantatge és que no són específics a un determinat locus i, degut a es qualifica com a la presència o absència d'una banda, heterozygotes no es poden distingir de homozygotes, és a dir, s'han heretat de manera dominant.