La comparació de localitzacions de mapa de gens entre espècies. Els resultats d'aquestes comparacions indiquen substancial conservació de blocs de gens i fins i tot grans segments dels cromosomes entre espècies. Es poden fer gran ús d'aquesta conservació de la posició del mapa. Per exemple, en el cas dels mamífers, això significa que si un gen s'ha assignat a una o les dues de les espècies intensament assignada (els éssers humans i els ratolins), llavors la probable ubicació d'aquest gen en la resta de mamífers es poden predir amb confiança considerable. Recíprocament, si un marcador d'ADN anònim assignades té un efecte sobre un tret quantitativa (aquest indicatiu del marcador està relacionat amb un locus de caràcter quantitatiu (QTL)), dir, bous, a continuació, coneixement de l'assignació comparativa entre el bestiar i els éssers humans pot identificar gens en la regió homòloga del genoma humà, que podria correspondre a la QTL. Aquests gens s'anomenen gens comparada candidat posicional (q.v.).