Dvojitý pletl DNA molekulu nebo hybridní DNA a RNA, kde každý pramen je jiného původu, a proto obsahuje jeden nebo více neodpovídající (non doplňkové) párů bází. A DNA duplex je připraven hybridizace jediné pletl DNA molekul pochází ze dvou různých zdrojů. Kde dva DNAs mají totožné nebo velmi podobné sekvence, dvouvláknové molekula se stanoví, že kde se liší dva DNAs v posloupnosti, single pletl regiony zůstanou. Heteroduplex bude odhaleno jako jednořetězcových "křoví", když DNA je pozorován elektronové mikroskopicky. Tím může být postavena Mapa regionů homologické a nehomologních ze dvou molekul. Tento proces je znám jako heteroduplex mapování.