Reakční podmínky - zejména teplota, koncentrace soli a pH - určující, žíhání na jedno pletl DNA/DNA, DNA/RNA a hybridů RNA/RNA. Na vysoké přísnost, duplexy tvoří pouze mezi prameny s dokonalou one-to-one doplňkovost; nižší přísnost umožňuje žíhání mezi prameny s určitou mírou Neshoda mezi základny.