Begrænser bevægelighed (genetisk Engineering) organismer ved at arrangere barrierer for at forhindre dem i at vokse uden for laboratoriet. Biologisk indeslutning kan tage to former: gør organismen kunne overleve i det udendørs miljø, eller at gøre det udendørs miljø ugæstfri for organismen. Sidstnævnte er sjældent egnet til bakterier, som i princippet kunne overleve næsten overalt. Således for bakterier og gærsvampe, de stillede tilgang er at mutere gener i organismen, så de kræver en levering af et bestemt næringsstof, som findes normalt kun i laboratoriet. Hvis de kommer ud, de så ikke kan vokse. At gøre miljøet uvenlig for skadegøreren er til dels en biologisk kontrol, dels en fysisk. Således nogle af de første gensplejsede ris stammer blev udviklet i England (som er alt for koldt for ris at vokse) og forsøgte i feltet i Arizona (hvor det er alt for tør). Biologisk indeslutning kan også omfatte brug af vector molekyler og værtsorganismer som genetisk er deaktiveret, så de kan overleve kun i de fastsatte eksperimentatoren særlige betingelser, som er tilgængelig uden for laboratoriet.