Sammenligning af kort placeringer af gener mellem arter. Resultaterne af disse sammenligninger viser betydelige bevarelse af blokke af gener og endda store segmenter af kromosomer mellem arter. Kan gøres store brug af denne bevarelse af map position. For eksempel for pattedyr, det betyder, at hvis et gen er kortlagt i en eller begge af de intenst-tilknyttede arter (mennesker og mus), derefter den sandsynlige placering af at gen i andre pattedyr kan forudsiges med stor tillid. Omvendt, hvis tilknyttede anonyme DNA markør har en effekt på en kvantitativ trait (dette bliver vejledende for markøren for at være sammenkædet med en kvantitativ trait locus (QTL)) i, sige, kvæg og derefter kendskab til den sammenlignende kort mellem kvæg og mennesker kan identificere gener i regionen homologe af det menneskelige genom, der kunne svare til QTL. Sådanne gener kaldes sammenlignende positionel kandidat gener (q.v.).