En form for VNTR (konflikten) hvor de gentage enheder (konflikten) typisk spænder fra 10 til 100 baser. De er normalt påvises ved sydlige hybridisering (konflikten), ved hjælp af en sonde, bestående af en klon af den gentagne enhed. Første DNA fingeraftryk (konflikten) blev minisatellites fundet på denne måde. Minisatellites har tendens til at være placeret i enderne af kromosomerne og i regioner med en høj frekvens af rekombination.