Der Vergleich der lagen auf der Karte von Genen zwischen den Arten. Die Ergebnisse dieser Vergleiche zeigen erhebliche Erhaltung der Blöcke von Genen und sogar große Teile der Chromosomen zwischen den Arten. Great können diese Erhaltung der Karte Position genutzt werden. Z. B. bei Säugetieren, es bedeutet, dass wenn ein Gen in einem oder beiden der intensiv-zugeordnete Arten (Menschen und Mäusen) zugeordnet wurde, dann die wahrscheinliche Position dieses Gens in anderen Säugetieren mit erheblichen Zuversicht vorausgesagt werden kann. Umgekehrt, wenn ein zugeordneter anonymer DNA-Marker eine Auswirkung auf einen quantitativen Merkmal (diese weil Sie Aufschluss über die Markierung verknüpft eine quantitative Trait Locus (QTL)) hat, sagen, Vieh, dann die Kenntnis der vergleichenden Karte von Menschen und Vieh kann identifizieren Gene in der homologen Region des menschlichen Genoms, die die QTL entsprechen könnte. Solcher Gene werden vergleichende positionelle Kandidatengene (q.v.) genannt.