In der Regel bestehend aus eine Nukleotidsequenz - 4, 6 oder 8 Nukleotide-, die erkannt wird, sowie für die eine Beschränkung Endonuclease (Beschränkung Enzym) bindet. Für Typ II-Restriktionsenzymen (denen in gen-Klonen Experimente) Es ist auch die Sequenz des Enzyms speziell schneidet (und ihre entsprechenden Enzyme methyliere, in denen) die DNA, d.h. für Typ-II-Enzyme, die Anerkennung und dem Zielstandort sind die gleiche Sequenz. Typ I Enzyme binden ihre Anerkennung-Website und dann die DNA an einigen mehr oder weniger zufällige Position außerhalb dieser Website Anerkennung zu Zerspalten.