Eine Klasse von Endonucleases, die DNA bindet nach dem Erkennen einer bestimmten Reihenfolge, z. B. Bam H1 (5´GGATCC3´), Öko-RI (5´GAATTC3´), und Hin jedoch (5´AAGCTT3´). Gibt es drei Arten von Beschränkung Endonuclease Enzyme:

Typ I: unspezifisch Abstand größer als 1000 bp aus seiner Anerkennung-Sequenz schneidet und enthält Beschränkung und Methylierung Aktivitäten.

Typ II: Kürzungen bei oder in der Nähe einen kurzen und oft palindromische (q.v.), Anerkennung-Sequenz. A separate Enzym methylates die gleiche Anerkennung-Sequenz. sie können machen die Schnitte in die zwei DNA-Stränge genau gegenüber einander und erzeugen Stumpf endet, oder sie können gestaffelt kürzen, klebrige enden zu generieren. Der Typ II-Restriktionsenzyme sind häufig in Recombinant DNA Technologie ausgenutzt werden.

Typ III: Cuts 24-26 bp stromabwärts aus einer kurzen, asymmetrische Anerkennung-Sequenz. Erfordert ATP und Beschränkung und Methylierung Aktivitäten enthält.