Das Vorkommen der Variation in der Länge von DNA-Fragmente, die nach der Spaltung mit einem Typ II Beschränkung Endonuclease hergestellt werden. Die Unterschiede in den Längen von DNA sind durch Vorhandensein oder Nichtvorhandensein der Website(s) Anerkennung für dieses besondere Beschränkung Enzym. RFLPs wurden zunächst erkannt mit DNA-Sonden nach Trennung der verdauten genomischen DNA Hybridisierung durch Gelelektrophorese (Southern-Analyse). , Jetzt diese in der Regel durch Elektrophorese der verdauten PCR-Produkt erkannt werden.