Ein Polymorphismus (q.v.) in einer bestimmten Basis-Site in einer Codierung Reihenfolge, z. B. auf Basis 306 in einem bestimmten Gen, ein Individuum könnte heterozygote für A und G: das mütterliche Allel haben könnte einen A an dieser Stelle, während die väterliche Allel eine G an diesem Standort hat. Diese Art von Polymorphie ist umfangreich im gesamten Genom, und hat den großen Vorteil, ohne die Notwendigkeit der Gelelektrophorese, öffnet den Weg für eine groß angelegte Automatisierung der Genotypisierung nachweisbar.