Μια μέθοδος για το διαχωρισμό των μορίων αξιοποιώντας την ικανότητά τους να δεσμεύσουν συγκεκριμένα στην άλλα μόρια. Υπάρχουν διάφοροι τύποι των χρωματογραφία βιολογικής συγγένειας. Α βιολογικό μακρομόριο μπορεί να είναι ακινητοποιημένο και ένα μικρότερο μόριο (ligand, q.v.,) στην οποία πρόκειται να δεσμεύσει μπορεί να κολλήσει σε αυτό, ή μπορεί να είναι ακινητοποιημένο, το μικρότερο ligand και το μακρομόριο που κολλήθηκε σε τον. Παραλλαγή Α είναι να χρησιμοποιήσετε ένα αντίσωμα ως το ακινητοποιημένο μόριο και να το χρησιμοποιήσετε για να "συλλαμβάνει" το αντιγόνο: αυτό συχνά ονομάζεται χρωματογραφία συγγένειας ανοσο. Α παραλλαγή είναι pseudo-affinity χρωματογραφία, όπου μια Ένωση που είναι σαν μια βιολογική ligand ακινητοποιείται σε ένα στερεό υλικό, και τα ένζυμα ή τις άλλες πρωτεΐνες που δεσμεύονται σε αυτό. Άλλες τεχνικές περιλαμβάνουν μέταλλο affinity χρωματογραφία, όπου ένα ιόν μετάλλου είναι ακινητοποιημένο σε μια στερεά υποστήριξη: μεταλλικά ιόντα δεσμεύουν σφιχτά και συγκεκριμένα σε πολλά βιομορίων. Ιόντων το μέταλλο είναι συνδεδεμένη με μια χηλική ουσία ή χηλικός ομάδα, μια χημική ομάδα που δεσμεύει συγκεκριμένα και εξαιρετικά στενά για το εν λόγω μέταλλο.