Η σύγκριση του χάρτη θέσεις των γονιδίων μεταξύ των ειδών. Τα αποτελέσματα αυτών των συγκρίσεων δείχνουν σημαντική διατήρησης των μπλοκ των γονιδίων και ακόμη και μεγάλα τμήματα των χρωμοσωμάτων μεταξύ των ειδών. Μεγάλη μπορούν να χρησιμοποιηθούν αυτή διατήρησης της θέσης του χάρτη. Για παράδειγμα, στην περίπτωση των θηλαστικών, αυτό σημαίνει ότι αν ένα γονίδιο έχει αντιστοιχιστεί σε μία ή και οι δύο έντονα αντιστοιχισμένα ειδών (άνθρωποι και ποντίκια), τότε η πιθανόν θέση του εν λόγω γονιδίων σε άλλα θηλαστικά μπορούν να προβλεφθούν με πολύ μεγάλη εμπιστοσύνη. Αντίστροφα, αν μια αντιστοιχισμένη ανώνυμη δείκτη DNA έχει ένα εφέ σε ένα ποσοτικό χαρακτηριστικό (αυτό είναι ενδεικτικό του δείκτη που συνδέεται με ένα ποσοτικό χαρακτηριστικό locus (QTL)), να πω, βοοειδή, στη συνέχεια, γνώση των συγκριτικών χάρτη μεταξύ ζώων και ανθρώπων να αναγνωρίσετε γονιδίων στην περιοχή ομόλογη του ανθρώπινου γονιδιώματος που θα μπορούσαν να αντιστοιχούν για το QTL. Γονίδια αυτά ονομάζονται συγκριτικής θέσης υποψήφια γονίδια (q.v.).