Μια μέθοδος για την αλληλοuχία καιρό (> 1 kb) κλωνοποιηθεί κομμάτια του DNA. Την αρχική αντίδραση αλληλουχίας αποκαλύπτει την ακολουθία η πρώτη μερικές εκατοντάδες νουκλεοτιδίων του DNA κλωνοποιημένα. Με βάση αυτά τα στοιχεία, ένα αλφαβητάρι που περιέχει περίπου 20 νουκλεοτίδια και τη συμπληρωματικότητα με μια ακολουθία κοντά στο τέλος του ακολουθία DNA είναι συντεθειμένο, και στη συνέχεια χρησιμοποιείται για την αλληλοuχία το επόμενο μερικές εκατοντάδες νουκλεοτίδια του DNA κλωνοποιημένα. Αυτή η διαδικασία επαναλαμβάνεται μέχρι την ακολουθία νουκλεοτιδίων πλήρη το κλωνοποιημένο DNA είναι αποφασισμένη.