Μια ακολουθία νουκλεοτιδίων - αποτελείται συνήθως από 4, 6 ή 8 νουκλεοτίδια - που αναγνωρίζεται από και να που ένα ενδονουκλεάσεων περιορισμού (ένζυμο περιορισμού) δεσμεύει. Για τον τύπο ΙΙ περιοριστικά ένζυμα (αυτά που χρησιμοποιούνται σε πειράματα κλωνοποίηση γονιδίων) είναι επίσης η ακολουθία εντός της οποίας το ένζυμο συγκεκριμένα τεμάχια (και τους αντίστοιχα ένζυμα μεθυλιώσουμε) το DNA, δηλαδή, για τον τύπο ΙΙ ένζυμα, την ιστοσελίδα αναγνώριση και την περιοχή-στόχο έχουν την ίδια σειρά. Τύπου ι ένζυμα δεσμεύουν στο site τους αναγνώριση και στη συνέχεια να διασπά το DNA σε κάποια περισσότερο ή λιγότερο τυχαία θέση έξω από αυτό το site αναγνώρισης.