Το ποσοστό των γαμετών που έχουν προκύψει από ανασυνδυασμό μεταξύ δύο loci. Υπολογίζεται ως ο αριθμός των ανασυνδυασμένων ατόμων μεταξύ ενός συνόλου των απογόνων του μια συγκεκριμένη ζευγάρωμα, διαιρούμενο με το συνολικό αριθμό απογόνων από το ζευγάρωμα. Represented από το Ελληνικό γράμμα Θήτα (). Διασύνδεση χαρτών που δημιουργούνται από τις εκτιμήσεις του κλάσματος ανασυνδυασμού μεταξύ όλοι οι pair-wise συνδυασμοί loci.