Επεξεργασία λυμάτων είναι ένα από τα πιο διαδεδομένα βιοτεχνολογικές διεργασίες στις δυτικές κοινωνίες, να ασχοληθεί με τα τεράστια ποσά από ανθρώπινα και ζωικά απόβλητα που παράγουν αυτές τις κοινωνίες. Λυμάτων μέθοδοι θεραπείας διαφέρουν ευρέως, αλλά όλα έχουν μια βιολογική βάση για να σπάσει το οργανικό υλικό στα λύματα και το μετατρέπουν σε κάτι που μπορεί με ασφάλεια να εκχέονται στο περιβάλλον (συνήθως ποτάμια ή θάλασσες).