Ένα πολυμορφισμό (q.v.) σε ένα συγκεκριμένο site βάσης σε μια ακολουθία κωδικοποίησης, π.χ., σε βάση 306 σε ένα συγκεκριμένο γονίδιο, ένα άτομο θα μπορούσε να είναι ετερόζυγα για Α και G: αλληλόμορφου μητρική θα μπορούσε να έχει ένα Α σε αυτό το site, ενώ η πατρική αλληλόμορφο έχει ένα G σε αυτό το site. Αυτός ο τύπος του πολυμορφισμού είναι εκτεταμένη σε όλο το γονιδίωμα, και έχει το μεγάλο πλεονέκτημα ότι είναι ανιχνεύσιμη χωρίς την ανάγκη για ηλεκτροφόρηση πηκτωμάτων, που ανοίγει το δρόμο για την αυτοματοποίηση γονοτυπική μεγάλης κλίμακας.