Esa rama de la microbiología industrial ocupan de materias textiles. La mayoría de los microorganismos en los textiles, los hongos, actinomicetos y bacterias — originan, aire, suelo y agua. Algunos de los microorganismos son perjudiciales para las fibras o el consumidor. Pueden descomponer la celulosa o proteína de la fibra o afectan la salud del consumidor. Ya que el contenido de humedad mínima para el desarrollo del microorganismo es del 7%, almacenamiento en seco es una medida eficaz de prevención. Algunos de los microorganismos son útiles, por ejemplo en el proceso retting, en el que las fibras se han liberado de los tallos de dichas plantas de fibra como lino, cáñamo y yute.