El proceso de recombinación que inserta una pequeña molécula de ADN (generalmente por recombinación homóloga) en una más grande. Si las moléculas son circulares, integración implica sólo una única mezcla; si es lineal, entonces dos cruces-over son necesarios. A ejemplo bien conocido es la integración del fago λ (lambda) ADN en el E. coli genoma.