La secuencia de nucleótidos específica en el ADN que es reconocido por una endonucleasa de restricción tipo II y dentro de que hace un corte de doble hebra. Restricción sitios normalmente comprenden cuatro o seis pares de bases que son típicamente palindrómico (q.v.), por ejemplo, 5´GGCC3´

3´CCGG5´

los dos filamentos pueden cortarse o frente a otro, para crear extremos embotados, o de manera escalonada, dando pegajoso termina, dependiendo de la enzima implicada.