Meetodit kasutades oma võimet siduda eraldi teiste molekulide molekulide vahel. On mitut tüüpi: bioloogiline afiinsus kromatograafia. A bioloogiline molekul saab kinnitada ja väiksem molekuli (ligandi, viise,) mis on siduda saab külge, või väiksem ligandi saab sekkumisostudeks ja selle makromolekuli ummikus seda. A variant on kasutada antikeha liikumatuse molekuli ja kasutada seda oma antigeeni "lüüa": see on sageli nimetatakse nõrgestatud immuunsüsteemiga afiinsus kromatograafia. A muudatus on pseudo-affinity abil, kus on ühend, mis on nagu bioloogiline ligandi sekkumisostudeks tahke materjaliga ja ensüüme või muid valke on seotud see. Teiste meetodite hulka kuuluvad metallist afiinsus kromatograafia, kus on metalli ioonide sekkumisostudeks tugeva toetuse: metallide ioonid tihedalt siduda ja konkreetselt paljud biomolekulid. Metalli-ioon on seotud chelator või kelaate rühmaga, chemical group, mis seondub selle metalli konkreetselt ja väga tihedalt.