Meetod, mille puhul sekveneerimise pikka aega (> 1 kb) kloonitud tükki DNA. Algse järjestuse reaktsioon ilmneb esimese paari saja nukleotiide kloonitud DNA järjestus. Nende andmete põhjal aabitsat, mis sisaldab umbes 20 nukleotiide ja täiendavad lähedal end üksteisele järgnevate DNA järjestus saadakse ja kasutatakse järgmise paari saja nukleotiide kloonitud DNA järjestuse. Seda toimingut korratakse seni, kuni täieliku nukleotiidide järjestuse kloonitud DNA on kindlaks määratud.