Nukleotiidide järjestuse - koosneb tavaliselt 4, 6 või 8 nukleotiide - mida tunnustatakse poolt ja seob restriktaasi (restriktsiooniensüümi). Tüüp II piirata ensüüme (need, mida kasutatakse katsetes geeni kloonimine) on ka kus ensüümi konkreetselt lõikab (ja nende vastavate ensüümide metüleeritakse) DNA, st tüüp II ensüümide kohta tunnustamise saidil ja saidi eesmärk on samas järjekorras. I tüüpi ensüümide siduda nende tunnustamise saidi ja siis lõhustumisel mõned rohkem või vähem juhuslikult kohas väljaspool tunnustamise saidi DNA.