Polümorfism (viise) kell base koduleheküljel kodeerimise järjestuses, näiteks kell base 306 teatava geeni, üks võiks olla heterosügootse A ja g emade alleeli võiks olla sellel saidil, kui isapoolne alleel on G, selles kohas. Seda tüüpi polümorfismi on kogu genoomi ulatuslik ja on suur eelis oleks tuvastatav, ilma et oleks vaja geelelektroforees, mis avab tee suurte automaatika genotüübi määramine.