Tyyppi DNA merkki luoma ruoansulatusta genomien DNA kaksi rajoitusta entsyymejä on monia DNA palasia, ligation (kutsutaan adapterit) DNA-sekvenssien näistä paloista päät vahvistuminen palasia kautta PCR (käyttäen alukkeet sekvenssit, jotka vastaavat sovittimet sekä satunnainen erilaisille kolme muita tukikohtia lopussa), ja visualisointi palasista geeli elektroforeesi kautta. PCR täydentää fragmentti, jonka järjestysnumero tapahtuu aloittaa mitään pohjamaaleja joukko kolme-base-sekvenssejä. AFLPs on merkittävä etu, että monet merkit voidaan luoda suhteellisen pienellä vaivalla. Ne ovat erittäin kätevä tapa mitata määrin geneettisen monimuotoisuuden ja väestön välillä. Niiden haittapuoli on, että ne eivät liity mihinkään tiettyyn alueeseen, ja koska ne teki läsnäolo tai puuttuminen bändi, heterozygotes ei voi erottaa homozygotes, toisin sanoen, ne periytyvät hallitseva muoti.