Restreint la circulation des organismes (génétiquement modifiées) en organisant des obstacles pour les empêcher de se développer en dehors du laboratoire. Confinement biologique peut prendre deux formes : rendre l'organisme incapable de survivre dans l'environnement extérieur, ou rendant l'environnement extérieur inhospitalier à l'organisme. Ce dernier est rarement adapté aux bactéries qui, en principe, pourraient survivre à presque n'importe où. Ainsi pour les bactéries et les levures, les favorisés approche consiste à muter les gènes dans l'organisme, afin qu'ils nécessitent un approvisionnement d'un nutriment spécifique qui est généralement disponible uniquement en laboratoire. S'ils sortir, ils ne peuvent pas se développer. Rendant l'environnement hostile de l'organisme est en partie une lutte biologique, en partie à un physique. Ainsi, certains du premier riz génétiquement les souches ont été élaborées en Angleterre (qui est trop froid pour le riz de croître) et essayés dans le domaine en Arizona (où elle est trop sèche). Confinement biologique peut également impliquer l'utilisation de molécules de vecteur et les organismes hôtes qui ont été désactivées génétiquement tels qu'ils peuvent survivre seulement dans les conditions particulières fournies par l'expérimentateur et qui ne sont pas disponibles en dehors du laboratoire.