Un polypeptide issu d'un gène recombinant contenant des portions de deux ou plusieurs gènes différents. Les différents gènes sont joints afin que leurs séquences codantes sont dans le même cadre de lecture : l'appareil génétique lit la fusion de gènes comme un gène unique et donc produit une protéine de fusion. Également connu sous le nom de hybrid protéine ou protéine chimérique. Ces protéines sont utilisés :

-Ajouter un tag d'affinité à une protéine ;

-pour produire un peptide dans le cadre d'une protéine plus grande, qui est ensuite découpé après elle a été déposée par clonage ;

-pour produire une protéine possédant les caractéristiques combinées de deux protéines naturelles ; ou

- pour produire une protéine où les deux activités différentes sont reliées physiquement.