Dans les domaines Windows 2000, le mode de domaine dans le domaine auquel tous les contrôleurs d'un domaine exécutent Windows 2000 et un administrateur de domaine a changé le mode de fonctionnement du domaine du mode mixte au mode natif. Mode natif prend en charge les groupes universels et imbrication de groupes. En mode natif, les contrôleurs de domaine exécutant WindowsNT4.0 ou antérieures ne sont pas prises en charge. Dans des domaines Windows Server 2003, le mode natif est dénommé « Windows 2000 natif », et il est l'un des trois niveaux fonctionnels de domaine disponibles.