Une séquence de nucléotides - composée généralement de 4, 6 ou 8 nucléotides - reconnu par et pour qui lie une endonucléase de restriction (restriction enzyme). De type II des enzymes de restriction (ceux utilisés dans les expériences de clonage de gènes), il est également l'ordre dans lequel l'enzyme coupe spécifiquement (et leurs enzymes correspondantes méthylent) l'ADN, c'est-à-dire pour les enzymes de type II, la reconnaissance et le site cible sont la même séquence. Enzymes de type I se lient à leur site de reconnaissance et ensuite de cliver l'ADN à une position plus ou moins au hasard à l'extérieur de ce site de reconnaissance.