Traitement des eaux usées est un des procédés biotechnologiques plus répandues dans les sociétés occidentales, de traiter les quantités énormes de déchets humains et animaux qui produisent de telles sociétés. Méthodes de traitement des eaux usées de varient largement, mais tous ont un fondement biologique à décomposer la matière organique dans les eaux usées et le transformer en quelque chose qui peut être en toute sécurité déversée dans le milieu (habituellement des rivières ou des mers).