Un polymorphisme (q.v.) sur un site de base spécifique dans une séquence de codage, par exemple, à base 306 dans un gène particulier, une personne pourrait être hétérozygote pour A et G: l'allèle maternel pourraient avoir un A à cet endroit, alors que l'allèle paternel a un G à cet endroit. Ce type de polymorphisme est étendu dans tout le génome et a le grand avantage d'être détectable sans recourir à l'électrophorèse sur gel, ce qui ouvre la voie à l'automatisation à grande échelle de génotypage.