Dibentuk pada pertengahan 1980-an oleh 2 ulama Indonesia, JI menjadi organisasi teroris ketika salah satu pendiri, Abdullah Sungkar, telah bertemu dengan Osama bin Laden dan al-Qaida. JI telah sejak menyebar ke termasuk sel-sel teroris di setiap negara di Asia Tenggara dan di Australia. Kepala sekolah tujuan organisasi adalah pembentukan negara bersatu Asia Tenggara negara Islam yang mereka inginkan untuk peregangan dari selatan Thailand, melalui Semenanjung Melayu, meliputi Singapura, dan di seluruh kepulauan Indonesia ke selatan Filipina. Mereka paling aktif di Indonesia, Malaysia, Thailand dan selatan Kepulauan Filipina, dimana mereka mengklaim upah Perang Suci melawan agen "Barat imperialisme", dan lain-lain yang melawan gerakan mereka.

Saat ini dipimpin oleh Abu Bakar Ba'asyir, JI dianggap responsbile untuk Oktober, 2002 pemboman di Bali, pengeboman Marriott pada Agustus 2003, dan sebuah rencana yang gagal untuk bom U.S. dan kedutaan Israel dan Inggris dan Australia bangunan diplomatik di Singapura pada bulan Desember 2001.