Polipeptida yang terbuat dari rekombinan gen yang mengandung bagian-bagian dari dua atau lebih gen yang berbeda. Gen yang berbeda bergabung sehingga mereka urutan pengkodean dalam membaca frame yang sama: peralatan genetik membaca fusi gen sebagai sebuah gen tunggal, dan sehingga menghasilkan protein fusi. Juga dikenal sebagai hibrida protein atau chimeric protein. Protein yang digunakan:

-untuk menambahkan tag afinitas untuk protein;

-untuk menghasilkan peptida sebagai bagian dari protein yang lebih besar, yang kemudian memotong-motong setelah itu telah dibuat oleh kloning;

-untuk menghasilkan protein dengan karakteristik gabungan dua protein alami; atau

- untuk menghasilkan protein mana dua kegiatan yang berbeda secara fisik terhubung.