Kromosom yang berpasangan selama meiosis. Kromosom tersebut sama berkaitan dengan ukuran dan juga posisi sentromer. Mereka juga memiliki gen yang sama, tetapi tidak harus alel yang sama, pada lokus yang sama atau lokasi. Semua autosom dan kromosom seks perempuan terjadi pada pasangan homolog. Kromosom seks laki-laki sebagian besar hemizigot.