Kelas enzim yang menurunkan molekul DNA atau RNA oleh penyatuan ikatan phospho-diester yang menghubungkan berdekatan nukleotida. Di deoxyribonuclease (DNase), substrat adalah DNA. Di endonuklease, ia bersatu di situs internal dalam molekul substrat. Exonuclease semakin bersatu dari ujung molekul substrat. Di katalisis (RNase), substrat adalah RNA. Nuclease di S1, substrat adalah DNA atau RNA beruntai tunggal. Nucleases memiliki berbagai tingkat dasar-urutan kekhususan, yang paling spesifik yang endonucleases pembatasan.