Proporsi gamet yang telah muncul dari rekombinasi antara dua lokus. Diperkirakan sebagai jumlah individu yang rekombinan antara kumpulan keturunan dari perkawinan tertentu, dibagi dengan total jumlah keturunan dari perkawinan itu. Diwakili oleh huruf Yunani theta (). Peta linkage diciptakan dari perkiraan rekombinasi fraksi antara semua kombinasi pair-wise lokus.