Polimorfisme (q.v) di situs dasar tertentu dalam urutan pengkodean, misalnya, di dasar 306 di gen tertentu, seseorang bisa heterozygous untuk A dan G: alel Ibu bisa memiliki di situs ini, sementara alel ayah memiliki G di situs ini. Jenis polimorfisme luas seluruh genom, dan memiliki keuntungan besar yang terdeteksi tanpa perlu Elektroforesis gel, yang membuka jalan untuk skala besar otomatisasi genotipe.