Proses dimana urutan transposon atau penyisipan menyisipkan dirinya ke situs baru yang sama atau molekul DNA. Mekanisme tepat tidak difahami sepenuhnya dan transposon berbeda mungkin transpos oleh mekanisme yang berbeda. Transposisi dalam bakteri tidak memerlukan luas homologi DNA antara transposon dan target DNA. Fenomena karena itu digambarkan sebagai rekombinasi yang tidak sah.