Una superficie di vetro a cui è stato fissato un array di DNA frammenti, ciascuno con una posizione definita. A tipico DNA chip può contenere 10 000 punti discreti (ciascuna contenente un frammento di DNA diverso) in un'area di pochi centimetri quadrati. Quando una soluzione di DNA fluorescente coniugato frammenti è ibridato al chip, luoghi in cui si verifica l'ibridazione sono visibili come fluorescenza. Se le macchie sul chip sono geni (espresso tag sequenza, vedi voce), ibridazione con cDNA da un particolare tessuto illustrato quali geni sono espressi in quel tessuto. Se le macchie sono brevi, sintetizzato oligonucleotidi (circa 25 basi) corrispondente a quella parte di un gene che contiene un polimorfismi a singolo nucleotide (SNP)(q.v.), con un posto separato per ciascuno dei 4 possibili basi in quel sito, ibridazione con DNA genomico da una singola pianta o animale permette che singoli essere genotipizzati a come molti loci SNP come sono rappresentati sul chip. Il grande vantaggio di DNA chip è nella misura in cui può essere automatizzato il processo di genotipizzazione, permettendo così un gran numero di piante o animali ad essere genotipizzati per un enorme numero di loci.