Il confronto delle posizioni della mappa dei geni tra specie. i risultati di questi confronti indicano sostanziale conservazione dei blocchi di geni e anche grandi segmenti di cromosomi tra le specie. Grande possono essere utilizzate questa conservazione della posizione della mappa. , Ad esempio, nel caso di mammiferi, vuol dire che se un gene è stato mappato in una o entrambe le specie intensamente mappata (esseri umani e topi), quindi la probabile Ubicazione di quel gene in altri mammiferi può essere previsto con notevole fiducia. Al contrario, se un anonimo mappato DNA marker ha un effetto su una caratteristica quantitativa (essendo questo indicativo del marcatore collegato a un locus tratto quantitativo (QTL)), dire, bovini, quindi la conoscenza della mappa comparativa tra il bestiame e gli esseri umani può identificare i geni nella regione omologa del genoma umano che potrebbe corrispondere al QTL. Tali geni sono chiamati geni candidati posizionale comparativa (q.v.).