Una molecola di DNA double-stranded o ibridi DNA-RNA, dove ogni filo è di diversa origine e di conseguenza contenente uno o più mismatched paia di basi (non complementari). A DNA duplex è preparato dall'ibridazione di molecole di DNA single-stranded derivato da due origini diverse. Dove il due DNAs sono identici o saranno stabiliti sequenze molto simili, una molecola a doppio filamento, mentre dove il due DNAs differiscono nella sequenza, single-stranded regioni rimarranno. Un heteroduplex sarà rivelato come single-strand "cespugli" quando il DNA è stato osservato al microscopio elettroni. In una mappa di omologhe e non omologhe regioni delle due molecole possono quindi essere costruiti. Questo processo è noto come mappatura heteroduplex.