Cromosomi accoppiati durante la meiosi. Questi cromosomi sono simili per quanto riguarda dimensioni e posizione del centromero. Hanno anche gli stessi geni ma non necessariamente gli stessi alleli, allo stesso locus o posizione. Tutti gli autosomi ed i cromosomi sessuali delle femmine hanno luogo in coppie omologhe. I cromosomi sessuali dei maschi sono per lo più emizigoti.