Una forma di VNTR (q.v.). In particolare, un segmento di DNA caratterizzato dal verificarsi di un numero variabile di copie (da pochi fino a 30 o giù di lì) di una sequenza di intorno 5 o meno basi (chiamato un'unità di ripetizione, q.v.). A microsatellite tipico è l'unità di ripetizione AC, che si verifica in circa 100 000 siti diversi in un tipico del genoma dei mammiferi. a qualsiasi uno sito (locus), di solito ci sono diversi "alleli diversi," ciascuno identificabili secondo il numero di unità ripetute. Questi alleli possono essere rilevati mediante PCR (q.v.), usando i primer progettato dalla sequenza unica che si trova su entrambi i lati del microsatellite. Quando la PCR prodotto viene eseguito su un gel elettroforetico, gli alleli sono visti a differiscono in lunghezza in unità pari alla dimensione dell'unità di ripetizione, ad esempio, se gli iniettori corrispondono alla sequenza unica immediatamente su entrambi i lati del microsatellite ogni 20 basi lunghe, e sono un individuo è eterozigote per un AC microsatellite con un allele che comprende 5 ripete e ripete l'altro composto da 6, l'eterozigote esporrà due bande sul gel, una band essendo 20 + (2 × 5) + 20 = 50 basi a lungo e l'altro allele essendo 20 + (2 × 6) + 20 = 52 basi lunghe. Microsatelliti sono stati il marcatore del DNA standard: sono facilmente rilevabili mediante PCR, e tendono ad essere situati in modo uniforme in tutto il genoma. Migliaia è stati mappati in molte specie differenti.