שני הגדילים המהווים DNA מוחזקים ביחד על ידי מימן ספציפי מליטה בין purines לבין pyrimidines (A זוגות עם T; ו- G זוגות עם C). מולקולת הגודל של חומצות גרעין מתואר לעתים קרובות במונחים של מספר זוגות בסיס (סמל: bp) או אלף בסיס זוגות (kilobase זוגות; סמלים: kb; יחידת נוחה יותר) שהוא מכיל.